Po wzniesieniu w 1447 roku, murowanego kościoła św. Mikołaja, siedzibę parafii przeniesiono do miasta. W drugiej połowie XVI wieku wskutek wpływu Reformacji na mieszkańców, wszystkie kościoły w Bielsku i okolicy stały się kościołami luteran. W 1631 roku przybył do miasta pierwszy po wielu latach proboszcz katolicki, zastał w nim zaledwie garstkę wiernych tego wyznania. Mimo ostrej akcji kontrreformacyjnej, prowadzonej w katolickiej monarchii Habsburgów z bezwzględnością, w następnych dekadach liczba katolików w Bielsku i okolicy wzrastała bardzo powoli.

W 1808 roku podczas wielkiego pożaru miasta zniszczone zostały kościół parafialny św. Mikołaja oraz kościół św. Anny, odbudowano tylko pierwszy z nich. W następnych latach bielskiej parafii podlegały kościoły filialne św. Trójcy (pierwotnie ewangelicki), św. Stanisława w Starym Bielsku oraz św. Małgorzaty w Kamienicy. Działające w mieście od 1859 roku siostry szkolne de Notre Dame, zajmujące się kształceniem katolickich dziewcząt i opieką nad sierotami, zbudowały sierociniec i szkołę żeńską (1897, 1908), wcześniej oddano do użytku zbudowaną na koszt miasta katolicką szkołę męską (1889). Najważniejszą inwestycją była przebudowa kościoła parafialnego św. Mikołaja (1908-1910), wyburzono wówczas tzw. starą szkołę stojącą naprzeciwko głównego wejścia, a wysoka wieża świątyni stała się odtąd charakterystyczną dominantą panoramy miasta.

Po zamknięciu w 1783 roku cmentarzy przy kościołach św. Mikołaja i św. Anny pochówki katolików odbywały się na cmentarzu św. Trójcy, funkcjonującym do 1889 roku, a do lat 60. XIX wieku także na założonym w 1831 roku tzw. cmentarzu cholerycznym w rejonie Parku Słowackiego. W 1884 roku otwarto nowy cmentarz katolicki przy ul. Grunwaldzkiej.

W 1708 roku w Białej zainstalowano misję jezuicką, co zapoczątkowało trwające przez ponad sto lat ostre konflikty wyznaniowe z ewangelikami. W 1708 roku kupiec Baltazar Damek ufundował drewnianą kaplicę Opatrzności Bożej, w miejscu której w latach 1760-1769 stanął murowany kościół, rozbudowany z czasem do dzisiejszej postaci. Pierwotnie otaczał go cmentarz, zlikwidowany po 1790 roku, kiedy to pochówki przeniesiono na nowe, użytkowane po dziś dzień miejsce wiecznego spoczynku.

Dzieci katolickie od 1787 roku pobierały naukę w szkole ewangelickiej, w 1812 roku przeniosły się do odrębnego budynku nad Niwką, a wreszcie w 1874 roku do nowego gmachu szkolnego przy obecnej ul. Marszałka Józefa Piłsudskiego. W 1885 roku sprowadzone z Opawy siostry ze Zgromadzenia Córek Bożej Miłości otwarły w dawnym dworze lipnickim Zakład Naukowo-Wychowawczy św. Hildegardy, zajmujący się kształceniem dziewcząt.