Budynek dworca zbudowany został w 1873 roku. Niemal równocześnie z pracami przy dworcu toczyły się prace przy budowie mostu kolejowego im. Ernesta Malinowskiego.
Obecny budynek pełniący funkcję dworca został wzniesiony w 1889 roku.
18 stycznia 1920 roku dworzec był miejscem powitania polskich wojsk wkraczających do Torunia. W 1938 roku, przed wizytą marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza, został przebudowany i na nowo otynkowany.
Dworzec jest obecnie w trakcie rewitalizacji. Przedstawiciele PKP podkreślają, że inwestycja ma pozwolić odnowić obiekt, ale z poszanowaniem dla jego historii. Dworzec przy Placu 18 stycznia w Toruniu odzyska swój historyczny biały kolor, a nad wejście główne, od strony miasta, powróci wielkoformatowy zegar.
Obecnie z dworca istnieją bezpośrednie połączenia do wielu miast Polski.